สาเหตุเกิดจากอิทธิพลของร่องความกดอากาศต่ำพาดผ่านภาคใต้ตอนบน ภาคกลางและภาคตะวันออก และมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ ทำให้ประเทศไทยมีฝนตกชุกหนาแน่นและมีฝนตกหนักถึงหนักมาก หลายพื้นที่เกิดน้ำท่วมเฉียบพลัน น้ำป่าไหลหลาก เข้าท่วมบ้านเรือนราษฎรและพื้นที่การเกษตร[3] ร่องมรสุมกำลังแรงดังกล่าวมีสาเหตุจากปรากฏการณ์ลานิญาที่มาเร็วกว่าปกติ ทาง ดร. รอยล จิตดอน ผู้อำนวยการสถาบันสารสนเทศทรัพยากรน้ำและการเกษตร ได้ชี้ว่าฝนได้ตกลงมาในพื้นที่หลังเขาเป็นเวลาหลายวัน เฉลี่ยมากกว่า 100 มิลลิเมตรต่อวัน ประกอบกับความแปรปรวนของร่องฝน ซึ่งปกติจะต้องเคลื่อนลงไปแถวภาคใต้แล้ว[4] ทำให้ปริมาณน้ำในอ่างเก็บน้ำหลายแห่งมีปริมาณน้ำเกินกว่าระดับกักเก็บ โดยเฉพาะเขื่อนลำพระเพลิง เขื่อนลำตะคอง เขื่อนป่าสักชลสิทธิ์ จนต้องเร่งระบายน้ำออกสู่พื้นที่ท้ายเขื่อน ซึ่งทำให้หลายพื้นที่เกิดอุทกภัยอย่างหนัก[5]

ในช่วงแรก เหตุอุทกภัยดังกล่าวเป็นเพียงอุทกภัยธรรมดาและไม่ตึงเครียดแต่อย่างใด แต่สถานการณ์ได้เลวร้ายลงจนกระทั่งกลายมาเป็นสาธารณภัยครั้งร้ายแรกในที่สุด เป็นเวลาเกือบหนึ่งเดือนที่พื้นที่ได้รับผลกระทบจากอุทกภัยและได้มีผู้เสียชีวิตรายแรก ๆ [6]

สำหรับสาเหตุของอุทกภัยในจังหวัดนครราชสีมา ยังพบว่ามีการรุกล้ำลำน้ำลำตะคองและลำพระเพลิง ทำให้พื้นที่ไม่สามารถเก็บกักน้ำเอาไว้ได้ โดยการรุกล้ำดังกล่าวเกิดขึ้นเพราะความเฟื่องฟูของธุรกิจโรงแรมและรีสอร์ตอีกด้วย[7]

สำหรับสาเหตุของอุทกภัยในภาคใต้ ระบุว่าเกิดจากอิทธิพลของพายุดีเปรสชั่นบริเวณอ่าวไทยตอนล่างเคลื่อนตัวผ่านภาคใต้ ทำให้ภาคใต้มีฝนตกชกหนาแน่น และมีฝนตกหนักถึงหนักมากในหลายพื้นที่ ทำให้เกิดน้ำท่วมเฉียบพลัน น้ำไหลหลาก เข้าท่วมบ้านเรือนราษฎร และพื้นที่การเกษตร วาตภัยและคลื่นมรสุมซัดฝั่ง[2] ทั้งยังพายุไซโคลนจาล ทำให้ผลกระทบจากอุทกภัยเพิ่มมากขึ้นเมื่อประกอบกับลมกำลังแรงราว 50 กิโลเมตร[8]